[RÉSOLU] Problèmes en cascade lors de l'installation de R (dépendances a priori)

[JeanJeanLaFlibuste]

Bonjour à tous,
Je suis un étudiant et pour mon mémoire je vais devoir utiliser le logiciel de stats R.
En suivant la marche à suivre exposée sur la page du site forum ubuntu, je me suis retrouvé face à un problème lors de l'installation de r-base et de r-base-dev.
Cela me donne:

Code : Tout sélectionner

sudo apt-get install r-base r-base-dev
Lecture des listes de paquets... Fait
Construction de l'arbre des dépendances       
Lecture des informations d'état... Fait
Certains paquets ne peuvent être installés. Ceci peut signifier
que vous avez demandé l'impossible, ou bien, si vous utilisez
la distribution unstable, que certains paquets n'ont pas encore
été créés ou ne sont pas sortis d'Incoming.
L'information suivante devrait vous aider à résoudre la situation : 

Les paquets suivants contiennent des dépendances non satisfaites :
 r-base : Dépend: r-base-core (>= 3.4.1-2zesty0) mais ne sera pas installé
          Dépend: r-recommended (= 3.4.1-2zesty0) mais ne sera pas installé
 r-base-dev : Dépend: r-base-core (>= 3.4.1-2zesty0) mais ne sera pas installé
E: Impossible de corriger les problèmes, des paquets défectueux sont en mode « garder en l'état ».

J'ai aussi essayé de l'installer via aptitude, mais ça n'installe que dalle.
Je fais quelques recherches et j'ai donc essayé de satisfaire les dépendances mais cela ne donne absolument rien:

Code : Tout sélectionner

apt-get install -f
Lecture des listes de paquets... Fait
Construction de l'arbre des dépendances       
Lecture des informations d'état... Fait
0 mis à jour, 0 nouvellement installés, 0 à enlever et 0 non mis à jour.

Également, j'ai pu remarquer que lorsque je lance un apt-get upgrade, cela me renvoie ceci (je ne sais pas si cela a un lien):

Code : Tout sélectionner

Ign:1 http://mint-mirror.gwendallebihan.net/packages serena InRelease
Réception de:2 http://security.ubuntu.com/ubuntu xenial-security InRelease [102 kB]                                                                              
Atteint:3 http://bouyguestelecom.ubuntu.lafibre.info/ubuntu xenial InRelease                                                                                           
Atteint:4 http://ppa.launchpad.net/linrunner/tlp/ubuntu xenial InRelease                                                                                               
Atteint:5 http://mint-mirror.gwendallebihan.net/packages serena Release                                                                                                
Atteint:6 http://bouyguestelecom.ubuntu.lafibre.info/ubuntu xenial-updates InRelease                                                                                   
Atteint:7 http://ppa.launchpad.net/smathot/cogscinl/ubuntu xenial InRelease                                                                                            
Atteint:8 http://bouyguestelecom.ubuntu.lafibre.info/ubuntu xenial-backports InRelease                                                                  
Atteint:9 http://archive.canonical.com/ubuntu xenial InRelease                                                                   
Atteint:11 https://stat.ethz.ch/CRAN/bin/linux/ubuntu zesty/ InRelease
102 ko réceptionnés en 1s (79,4 ko/s)
Lecture des listes de paquets... Fait
W: Target Packages (Packages) is configured multiple times in /etc/apt/sources.list.d/additional-repositories.list:1 and /etc/apt/sources.list.d/additional-repositories.list:2
W: Target Translations (fr_FR) is configured multiple times in /etc/apt/sources.list.d/additional-repositories.list:1 and /etc/apt/sources.list.d/additional-repositories.list:2
W: Target Translations (fr) is configured multiple times in /etc/apt/sources.list.d/additional-repositories.list:1 and /etc/apt/sources.list.d/additional-repositories.list:2
W: Target Translations (en) is configured multiple times in /etc/apt/sources.list.d/additional-repositories.list:1 and /etc/apt/sources.list.d/additional-repositories.list:2
W: Target Packages (Packages) is configured multiple times in /etc/apt/sources.list.d/additional-repositories.list:1 and /etc/apt/sources.list.d/additional-repositories.list:3
W: Target Translations (fr_FR) is configured multiple times in /etc/apt/sources.list.d/additional-repositories.list:1 and /etc/apt/sources.list.d/additional-repositories.list:3
W: Target Translations (fr) is configured multiple times in /etc/apt/sources.list.d/additional-repositories.list:1 and /etc/apt/sources.list.d/additional-repositories.list:3
W: Target Translations (en) is configured multiple times in /etc/apt/sources.list.d/additional-repositories.list:1 and /etc/apt/sources.list.d/additional-repositories.list:3
W: Target Packages (Packages) is configured multiple times in /etc/apt/sources.list.d/additional-repositories.list:1 and /etc/apt/sources.list.d/additional-repositories.list:2
W: Target Translations (fr_FR) is configured multiple times in /etc/apt/sources.list.d/additional-repositories.list:1 and /etc/apt/sources.list.d/additional-repositories.list:2
W: Target Translations (fr) is configured multiple times in /etc/apt/sources.list.d/additional-repositories.list:1 and /etc/apt/sources.list.d/additional-repositories.list:2
W: Target Translations (en) is configured multiple times in /etc/apt/sources.list.d/additional-repositories.list:1 and /etc/apt/sources.list.d/additional-repositories.list:2
W: Target Packages (Packages) is configured multiple times in /etc/apt/sources.list.d/additional-repositories.list:1 and /etc/apt/sources.list.d/additional-repositories.list:3
W: Target Translations (fr_FR) is configured multiple times in /etc/apt/sources.list.d/additional-repositories.list:1 and /etc/apt/sources.list.d/additional-repositories.list:3
W: Target Translations (fr) is configured multiple times in /etc/apt/sources.list.d/additional-repositories.list:1 and /etc/apt/sources.list.d/additional-repositories.list:3
W: Target Translations (en) is configured multiple times in /etc/apt/sources.list.d/additional-repositories.list:1 and /etc/apt/sources.list.d/additional-repositories.list:3

Je ne sais pas si cela a un lien, je suis un peu perdu. Je suis sous Linux Mint avec une interface XFCE. J'ai essayé plusieurs solutions avant de venir vous voir et vous déranger, mais je n'y arrive vraiment pas.

Je vous remercie de vos conseils et de votre aide,
Cordialement, JeanJean

[arghlub]

Salut
Bon, on va commencer par ta source de dépôts additonnels qui semble contenir des erreurs/doublons (erreurs lors de ton upgrade), donne nous le retour de cette commande :

Code : Tout sélectionner

cat /etc/apt/sources.list.d/additional-repositories.list

[thyam]

'Jour jeanjean,

Il faudrait commencer par te créer une petite signature avec ton matos/distribution/bureau, tu trouveras la marche à suivre dans 'TUTOS POUR FFLM' dans le haut du forum. C'est plus facile pour l'aide

A plus

[JeanJeanLaFlibuste]

Signature mise à jour ! Toute mes confuses pour cet oubli.

En effet, j'ai très clairement des doublons :

Code : Tout sélectionner

cat /etc/apt/sources.list.d/additional-repositories.list
deb https://stat.ethz.ch/CRAN/bin/linux/ubuntu zesty/
deb https://stat.ethz.ch/CRAN/bin/linux/ubuntu zesty/
deb https://stat.ethz.ch/CRAN/bin/linux/ubuntu zesty/

Que faire?

[arghlub]

Tu édites ce fichier, supprimes les dernières lignes-doublons et tu enregistres.
Vu que tu es avec l'environnement XFCE tu peux faire ça avec l'éditeur de texte caja (en mode administrateur avec sudo)

Code : Tout sélectionner

sudo caja /etc/apt/sources.list.d/additional-repositories.list

Puis après avoir enregistré et fermé l'éditeur refais pour voir un

Code : Tout sélectionner

sudo apt-get upgrade

[JeanJeanLaFlibuste]

Je n'avais pas caja, je m'en suis occupé avec gedit.

C'est bon, la liste est propre maintenant et j'ai un normal :

Code : Tout sélectionner

apt-get upgrade
Lecture des listes de paquets... Fait
Construction de l'arbre des dépendances       
Lecture des informations d'état... Fait
Calcul de la mise à jour... Fait
0 mis à jour, 0 nouvellement installés, 0 à enlever et 0 non mis à jour.

(je suis en su)

En revanche, l'installation de R me renvoie toujours :

Code : Tout sélectionner

apt-get install r-base r-base-dev
Lecture des listes de paquets... Fait
Construction de l'arbre des dépendances       
Lecture des informations d'état... Fait
Certains paquets ne peuvent être installés. Ceci peut signifier
que vous avez demandé l'impossible, ou bien, si vous utilisez
la distribution unstable, que certains paquets n'ont pas encore
été créés ou ne sont pas sortis d'Incoming.
L'information suivante devrait vous aider à résoudre la situation : 

Les paquets suivants contiennent des dépendances non satisfaites :
 r-base : Dépend: r-base-core (>= 3.4.1-2zesty0) mais ne sera pas installé
          Dépend: r-recommended (= 3.4.1-2zesty0) mais ne sera pas installé
 r-base-dev : Dépend: r-base-core (>= 3.4.1-2zesty0) mais ne sera pas installé
E: Impossible de corriger les problèmes, des paquets défectueux sont en mode « garder en l'état ».

[arghlub]

Bon 1er petit problème réglé passons au plus sérieux.

En suivant la marche à suivre exposée sur la page du site forum ubuntu, je me suis retrouvé face à un problème lors de l'installation de r-base et de r-base-dev.

Donne nous le lien du fofo d'Ubuntu pour savoir toutes les commandes que tu as lancées pour aboutir à cette erreur :

Code : Tout sélectionner

E: Impossible de corriger les problèmes, des paquets défectueux sont en mode « garder en l'état ».

Je pense que cela doit être un problème entre différentes sources de dépôts qui rentrent en conflit mais à confirmer.

[JeanJeanLaFlibuste]

Merci beaucoup

https://doc.ubuntu-fr.org/r" onclick="window.open(this.href);return false;

Voilà le lien renvoyant à la page dispensant lesdites instructions. J'ai suivi la procédure d'installation par les miroirs du CRAN. C'est la dernière étape qui coince.

[tyrry]

Slt ,
je pense que tu dois utiliser un miroir non synchro
perso je tenterai la manip avec d'autres miroirs : https://cran.r-project.org/mirrors.html" onclick="window.open(this.href);return false;
@+

[JeanJeanLaFlibuste]

Voilà les opérations que j'ai effectuées:

Code : Tout sélectionner

jules-W51XTU jules # add-apt-repository "deb http://cran.biotools.fr/CRAN/bin/linux/ubuntu zesty/"
jules-W51XTU jules # apt-get install r-baseLecture des listes de paquets... Fait
Construction de l'arbre des dépendances       
Lecture des informations d'état... Fait
Certains paquets ne peuvent être installés. Ceci peut signifier
que vous avez demandé l'impossible, ou bien, si vous utilisez
la distribution unstable, que certains paquets n'ont pas encore
été créés ou ne sont pas sortis d'Incoming.
L'information suivante devrait vous aider à résoudre la situation : 

Les paquets suivants contiennent des dépendances non satisfaites :
 r-base : Dépend: r-base-core (>= 3.4.1-2zesty0) mais ne sera pas installé
          Dépend: r-recommended (= 3.4.1-2zesty0) mais ne sera pas installé
E: Impossible de corriger les problèmes, des paquets défectueux sont en mode « garder en l'état ».

Pas d'améliorations. Après je m'y suis sûrement mal pris pour changer mon miroir, je tatonne.
Merci.