J'ai modifié org > gnome > desktop > interface > gtk-color-scheme > selected_bg_color mais ça n'a aucun effet, dans les paramètres, Nemo ou Firefox la couleur de surbrillance est toujours celle que j'avais définit sous xubuntu.
Dans certaines applications comme Synaptic la couleur est la bonne cependant.
EDIT:
La couleur de surbrillance été redéfinie dans ~/.config/gtk-3.0/gtk.css.