Ces installations successives ont rendu la machine "bancale". Ce n'est pas ta faute, c'est le temps qui passe, tout simplement.
Il est certain que monter un Windows 7 pour une utilisation aussi anecdotique est plutôt un non-sens, mais ça, ça fait partie des goûts et des couleurs, et si ça te sécurise, on va dire que c'est très bien.
(Bon, on ne va pas se mentir, un Windows7 qui dépanne un Linux, forcément j'ai moi aussi eu un sourire attendri en lisant ça, mais je me suis reconnu aussi d'une certaine façon.)
Garde à l'esprit que c'est une source de complexité dans ton installation et qu'il y a probablement beaucoup d'autres façons de procéder (on pourrait te guider) mais quoi qu'il en soit, ça ne doit pas empêcher ton système de fonctionner.
L'important sera de bien installer Windows 7 en premier, Linux en second (toujours le plus intelligent en second de sorte qu'il s'adapte aux particularités du premier). Ceci étant dit, tu comprends déjà que ton installation, de base, sera forcément teintée de "bizarreries", car Linux, de facto, s'adaptera au mieux à l'existence de ce Windows ancien, à celle d'un Windows Boot Manager, etc.
Les OS et les applications sur le support rapide (donc le SSD) pour permettre des accès en lecture avec des latences minimales.
Les données peuvent être déplacées sur des supports plus lents (donc le HDD) vu qu'elles sont accédées pour être mises en mémoire et travaillées, puis écrites sur le disque une fois le travail sauvegardé et que, sauf cas particulier, elles ne sont pas l'objet d'opérations de lecture et écriture en rafale.
"je ne me souviens plus pourquoi j'ai procédé ainsi"
Tu as suivi les conseils de l'équipe de développement de Timeshift qui avertit bien que leur logiciel n'est pas conçu comme un utilitaire de sauvegarde, et c'est très bien. Tu as rencontré DejaDup qui fait très bien le boulot, rien à redire à ça.